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北航北海学院已停招多年。澎湃新闻早前报道提到，北航北海学院原系北海市人民政府、北京航空航天大学、投资方（2004至2008年为北海大学经济园区发展有限公司，2008年之后为个人）三方联合在北海举办的独立学院。2011年，该院招生3000人，在校生总人数突破1万。然而，2013年，北航北海学院由于面临改制，仅面向广西招生200多人，报读的新生被分流到广西各独立院校。
中国新闻网报道透露，当时北航北海学院招生办一名陈姓教师表示，在暑期招生工作中突然接到广西考试院下发的通知称，北航北海学院与合作单位探讨新的办学体制，要对新生进行分流。并称，改制后，北航北海学院将由三本院校升为二本B类学校，2013年招生人数比往年少，是为提升该校教学质量，并为来年全国统招做准备。但接下来，北航北海学院也没有再招一个新生。广西壮族自治区教育厅2023年4月也确认，北航北海学院仍处于停招状态。
2023年11月，曾有人民网领导留言板网友咨询桂林电子科技大学北海校区合并转设事宜。自治区教育厅后答复称，2022年12月，经自治区党委、政府同意，我区已将北京航空航天大学北海学院与桂林电子科技大学北海校区合并转设事宜纳入《广西高等学校设置“十四五”规划》并报教育部备案。目前，各方正在对照独立学院转设的标准和要求加强建设，待条件成熟后自治区教育厅将再次启动北京航空航天大学北海学院转设申报工作。